咖啡因具有很好的利尿效果，但是长期且大量喝咖啡，容易造成骨质流失，可能会增加骨质疏松的威胁。但前提是，针对那些平时本来就缺乏摄取足够的钙，或是不经常动的人，再加上大量的咖啡因，才可能对骨造成威胁。
其实，咖啡会引起骨质疏松的观点在中老年人群中更有市场，很多老年人闻咖啡色变，认为喝了咖啡会导致骨钙的大量流失，引起骨质疏松，甚至会出现脆性骨折，其实不尽然。
在欧洲的大规模调查中确实发现喝咖啡多的人罹患骨质疏松的比例更高，但喝咖啡并不会导致骨质疏松。产生前述调查结果的原因是很多喝咖啡多的人烟酒消费量也比较高，而吸烟饮酒更容易导致骨质疏松，在对调查结果进行关于烟酒的回归分析后，喝咖啡多少对骨质疏松的发生率并无明显区别。
这个例子告诉我们看新闻一定不能只看标题。
而来自美国、德国、法国和西班牙等国的科学家接受采访时认为，到目前为止，没有证据表明骨质疏松和钙流失与饮用咖啡有关，这一成果是通过近30年的科学研究得出的。同时，他们还表示，科学饮用咖啡能降低心血管疾病和2型糖尿病的患病率。
咖啡因一直被认为是引起骨质疏松症的危险因素之一。日常生活中一些飮料如咖啡、茶、可乐、食物或药品中会含有咖啡因，它是一种弱的利尿剂，会增加钠及水分在肾脏中的排出，因此有轻微的利尿作用。有研究报告指出，咖啡因会增加尿中钙质的排泄及促进小肠中钙质的分泌，且作用是和咖啡因的摄取量成正比。从这个试验结果可看出，喝越多的咖啡、钙质流失的量就越多，越容易造成骨质疏松症，是不是真的如此?
虽然大部分的数据显示，年轻女性喝咖啡似乎和骨质疏松症无关，但研究人员也发现，钙质的摄取量(如喝牛奶、吃豆类食品、补充钙片)在年轻的女性中是较足够的。即在足够钙质摄取的情况下，每天摄取咖啡因mg，应该是不会影响到骨质密度。
由于临床实验并不能得到一致的结果确定咖啡因是否会造成骨质疏松，增加骨折的机率。所以目前是将咖啡因列在骨质疏松的危险因素之一，而非引起骨质疏松的原因。
喝咖啡有和多讲究，只有科学地喝咖啡，才能真正品味咖啡的美妙，并且不会对身体健康造成伤害。那么，怎样喝咖啡才科学呢?
健康专家建议喜欢喝咖啡的人和那些交际特多的人不要过多地饮用咖啡，以一天2至3杯为宜，从原则上来讲，不管哪一种刺激性饮料均以每天不超过3杯为佳。
据英国最新报道，雅典科研人员表示，喝咖啡可能是长寿的秘诀之一。报道称，希腊的伊卡里亚岛素以长寿闻名，岛上1/3的居民都能活到90岁。他们的癌症发病率比西方其他国家低20%，心脏病发病率低50%。更让人惊奇的是，几乎没有人患痴呆。研究者认为，这和希腊人爱喝咖啡有一定关系。
研究人员以岛上名高血压患者为研究对象，他们的年龄处于65岁至岁之间。众所周知，高血压会减少动脉弹性，导致动脉硬化，诱发心脏病和中风。不过，研究者随后对志愿者动脉的弹性进行评估后发现，56%的人动脉非常健康，可与年轻人相比。原来他们每天都要喝1—2杯咖啡。另有10%的人每天喝3杯以上的咖啡，但他们的动脉弹性反而最差。
雅典大学主导该研究的克里斯蒂娜博士表示，每天摄入25—50毫升黑咖啡最理想。咖啡里的咖啡因和抗氧化成分能显著提升动脉功能，但是多喝无益。此外，喝咖啡还有另一项鲜为人知的好处，就是社交。在咖啡馆里与朋友一边聊天，一边喝咖啡，对于精神健康大有裨益。